En 1907, l'entreprise Fromagerie Arnaud est fondée à Poligny par Jules-Charles Arnaud, pour le négoce et l'affinage des fromages de comté. Ses deux fils Jules et Charles lui succèdent, puis son petit-fils Jean-Charles.
En 1937, Charles Arnaud crée sa marque « JuraFlore ». Le nom est inspiré de la flore du Jura, qui parfume le lait des vaches montbéliardes, collectés et transformés par les agriculteurs de la région associés en fruitières, et du célèbre Café de Flore du boulevard Saint-Germain à Paris, où il envoie des fromages à partir des années 1930.

En 1985, Jean-Charles Arnaud effectue son service militaire en tant qu’Élève officier de réserve instructeur escalade au centre national d'entraînement commando 23 du fort des Rousses.
En 1996, devenu PDG de la société, Jean-Charles Arnaud achète une importante partie du fort démilitarisé, au ministère de la Défense, et transforme progressivement les 50 000 m2 de salles voûtées et plusieurs kilomètres de galeries souterraines en caves d’affinage.